Магкеев родился во Владикавказе, в раннем детстве занимался тхэквондо. В футбол перешёл в 7 лет. В 15 лет юный футболист попал в Академию «Локомотива» и долгое время играл на позиции опорного полузащитника. Однако после перехода в молодёжную команду сменил амплуа и стал центральным защитником. В центре обороны Магкеев изначально играл и в «Казанке», но быстро вернулся в опорную зону.

За главную команду Станислав дебютировал 26 мая 2019 года в матче с «Уфой». В 2019-м стал обладателем Кубка и Суперкубка России. В 2020 году был номинирован на премию «Первая пятёрка», которая вручается лучшему молодому футболисту чемпионата России. А в 2021-м Магкеев вместе с «Локомотивом» стал обладателем ещё одного Кубка страны

Всего за основной состав «Локо» полузащитник провёл 79 матчей, сыграв и в Лиге чемпионов, и в Лиге Европы.