Жемалетдинов родился в спортивной семье. Отец Рифата — профессиональный пловец. По его стопам мог пойти Жемалетдинов-младший, но выбрал в итоге футбол. В «Локомотиве» Рифат с пяти лет — он прошёл Академию клуба с набора до выпуска.

В молодёжку Жемалетдинов попал в 2013 году и быстро стал одним из лидеров. Дебют в главной команде состоялся 25 февраля 2016-го в матче 1/16 финала Лиги Европы с «Фенербахче». Первый гол за «Локомотив» Рифат забил в мае того же года с «Мордовией». Тогда же состоялся и первый дубль.

В 2013-м Жемалетдинов выиграл юношеский чемпионат Европы, в 2015-м завоевал серебро юношеского Евро, а в 2016-м стал победителем молодёжного первенства России.

Полузащитник сыграл за «Локомотив» 155 матчей, забил 23 мяча, сделал 25 голевых передач и завоевал три трофея — два Кубка и один Суперкубок России.