Джефферсон Фарфан родился 26 октября 1984 года в Перу. Заниматься футболом начал в Академии «Депортиво Мунисипаль», где провел пять лет. В 1998 году 14-летнего Фарфана приобрел столичный клуб «Альянса Лима». Спустя два года нападающий дебютировал в главной команде и быстро стал одним из ключевых футболистов. Вместе с Фарфаном «Альянса Лима» трижды завоевывал чемпионство, а сам Джефферсон был признан игроком года в Перу.

В 2004-м Фарфан перебрался в Европу. Молодой футболист приглянулся Гусу Хиддинку, который в то время тренировал ПСВ. После прихода Фарфана началась эпоха доминирования красно-белых в чемпионате Голландии.
За четыре сезона Джефферсон забил 67 голов в 170 матчах, а ПСВ четыре раза подряд занимал первое место и выиграл Кубок. Кроме того, в сезоне-04/05 голландцы с Фарфаном дошли до полуфинала Лиги чемпионов.

В октябре 2008-го перуанец перешел в «Шальке» и сразу стал лидером команды. Вместе с Фарфаном «Шальке» завоевал Кубок и Суперкубок Германии, занимал второе и дважды третье место в Бундеслиге, а также вышел в полуфинал Лиги чемпионов в сезоне-10/11.

С 2015 года Фарфан выступал за «Аль-Джазиру» из ОАЭ, с которой выиграл Кубок президента.

Всего во всех клубных турнирах Фарфан провел 509 матчей и забил 158 голов. В составе сборной Перу забил 22 гола в 75 матчах и завоевал бронзу Кубка Америки.