Портнягин родился 7 января 1989 года во Владивостоке, где и начал заниматься футболом. На одном из юношеских турниров Портнягина заметили московские селекционеры и пригласили на просмотр, однако первый профессиональный контракт он подписал с ижевским «Союз-Газпромом».

В 2008 году Портнягин перешел в «Рубин». Дебют футболиста в премьер-лиге состоялся 4 апреля 2009 года в матче против ФК «Москва». Через год Портнягин дебютировал на европейской арене – в игре 1/8 финала Лиги Европы против «Вольфсбурга».

С 2011 по 2014 год Портнягин выступал на правах аренды за «Спартак» из Нальчика, «Томь», «Нефтехимик» и «Крылья Советов».

В составе «Рубина» стал чемпионом России и завоевал Суперкубок страны.

В 2015 году футболист получил вызов в сборную России, за которую дебютировал 31 марта в товарищеском матче против Казахстана.

31 августа 2016 года подписал контракт с «Локомотивом».