Сергей Макаров родился в селе Некрасовка Хабаровского края. В футбол Сергея привел его отец – бывший футболист, выступавший за хабаровский «Локомотив». На протяжении пяти лет Макаров занимался в местной футбольной школе, после чего его пригласили в «СКА-Энергию». «Локомотив» обратил внимание на Макарова на турнире Детской футбольной лиги «Бесков и его команда».

С 2013 года Макарова начали привлекать к играм молодежной команды «Локо». Дебют за «молодежку» состоялся 12 апреля в матче с «Зенитом». 22 марта 2014 года Сергея впервые включили в заявку основной команды – на матч с «Уралом».

С 2011 года Макаров привлекается к матчам за юношескую сборную России, с которой в 2013 году выиграл чемпионат Европы, в а 2015-м завоевал серебряную медаль.